Facturación electrónica 4.4 en laboratorios clínicos de Costa Rica: qué cambió y qué revisar

La versión 4.4 de los comprobantes electrónicos del Ministerio de Hacienda es obligatoria en Costa Rica desde el 1 de setiembre de 2025. Para un laboratorio clínico, los cambios que más pesan son tres: el detalle del medio de pago (con un código propio para SINPE Móvil), el recibo electrónico de pago para las ventas a crédito y la exigencia de un código CABYS correcto en cada examen facturado.

De dónde sale la versión 4.4

La Dirección General de Tributación publicó la resolución MH-DGT-RES-0027-2024 en noviembre de 2024. Esa resolución contiene las disposiciones técnicas de la versión 4.4 de los comprobantes electrónicos y fijaba su entrada en vigor para el 1 de junio de 2025. En febrero de 2025, la resolución MH-DGT-RES-0001-2025 amplió el plazo, y la versión 4.4 empezó a regir el 1 de setiembre de 2025.

Las notas técnicas que acompañaron el cambio modifican buena parte del esquema XML. La mayoría de esos cambios son de estructura y validación, y quedan dentro del sistema que emite. Las que siguen son las que un laboratorio clínico nota en su operación diaria.

Lo que cambió en la factura de un laboratorio clínico

Cambio de la versión 4.4	Qué significa para el laboratorio
Medio de pago detallado, con código propio para SINPE Móvil	Cada cobro en caja tiene que registrar cómo pagó el paciente: efectivo, tarjeta, transferencia, SINPE Móvil u otro
Recibo electrónico de pago (REP)	Las facturas a crédito, como las que se emiten a empresas o aseguradoras, se cierran con un comprobante de pago
Validación del código CABYS	Cada examen o perfil del catálogo del laboratorio necesita su código CABYS vigente
Más tipos de identificación y nuevas condiciones de venta	Los datos del paciente o del pagador tienen que estar completos y bien clasificados

Medios de pago y SINPE Móvil

La versión 4.4 obliga a indicar el medio de pago de cada comprobante, y SINPE Móvil tiene su propio código. En un laboratorio, donde buena parte de los pacientes paga en ventanilla por SINPE Móvil, esto exige que la caja registre el medio real de cada cobro. El cambio es de reporte, y le permite a Hacienda cruzar los pagos con lo facturado.

Recibo electrónico de pago

El recibo electrónico de pago (REP) se incorporó para documentar el cobro de las operaciones a crédito y de las ventas al Estado. Muchos laboratorios clínicos facturan con plazo a empresas que pagan los exámenes de sus colaboradores, a aseguradoras o a otros laboratorios que les refieren muestras. En esos casos, el REP registra el momento en que la factura se paga.

CABYS en cada examen

El Catálogo de Bienes y Servicios (CABYS) es el catálogo que mantienen el Banco Central de Costa Rica y el Ministerio de Hacienda, con códigos de 13 dígitos. Su uso en los comprobantes electrónicos es obligatorio desde diciembre de 2020, y un comprobante sin un código válido es rechazado. El catálogo se actualiza periódicamente, así que un laboratorio con cientos de exámenes en su catálogo necesita revisar que cada uno apunte al código vigente.

IVA de los servicios de laboratorio

La Ley 9635, de Fortalecimiento de las Finanzas Públicas, fija una tarifa reducida de 4% de IVA para los servicios de salud privados prestados por centros de salud autorizados o por profesionales en ciencias de la salud autorizados, y la reglamentación incluye a los laboratorios clínicos privados. La reglamentación también contempla mecanismos de devolución del IVA al paciente cuando paga los servicios de salud con medios electrónicos.

La tarifa correcta depende del servicio, de quién lo presta y de cómo se paga, así que confirme con su contador la configuración de cada examen antes de cambiarla en el sistema.

Qué revisar en el sistema del laboratorio

Una lista práctica para comprobar que la facturación del laboratorio está al día con la versión 4.4:

1. Catálogo de exámenes con CABYS. Cada examen, perfil y paquete tiene un código CABYS vigente y la tarifa de IVA que corresponde.
2. Medios de pago en caja. El sistema registra el medio real de cada cobro, incluido SINPE Móvil, y lo envía en el comprobante.
3. Facturación a crédito. Las facturas a empresas, aseguradoras y laboratorios corresponsales quedan ligadas a su recibo electrónico de pago cuando se cobran.
4. Datos del receptor. El paciente o el pagador tiene el tipo de identificación correcto y los datos que pide el esquema.
5. Notas de crédito. Las anulaciones y los descuentos posteriores se emiten como nota de crédito que referencia la factura original.
6. Respuesta de Hacienda. Cada comprobante queda con su estado de aceptación o rechazo visible para quien administra la facturación, y los rechazos se corrigen el mismo día.

Por qué conviene facturar desde la misma orden del laboratorio

En un laboratorio clínico, la factura describe lo que ya está en la orden: el paciente, el médico que solicita, los exámenes y quién paga. Cuando la factura se genera en un sistema aparte, alguien tiene que copiar esos datos de una pantalla a otra. Ahí se cuelan los exámenes que se hicieron y no se cobraron, los códigos CABYS que no corresponden y los montos que no cuadran con la orden.

Si el comprobante sale de la misma orden que produce el resultado, el catálogo de exámenes se mantiene una sola vez, con su código CABYS y su tarifa, y cada factura hereda esos datos. La revisión de un cambio como el de la versión 4.4 se hace sobre un único catálogo y un único flujo.

Cómo lo resuelve Elabo

Elabo es el sistema de información para laboratorios clínicos que distribuye Pura Vida Cloud, en uso en laboratorios de Costa Rica desde 2017. Cubre recepción, proceso, validación, entrega de resultados y facturación electrónica ante Hacienda en un mismo flujo, así que el comprobante se emite desde la orden del paciente. Cada laboratorio corre en su propia instancia, con su base de datos, en los servidores de Pura Vida Cloud. Puede ver Elabo por dentro o solicitar una demostración.